Esses dias eu estava precisando escrever um artigo científico no TeX e encontrei a solução perfeita.
Trata-se do REVTeX, que pode ser baixado em http://authors.aps.org/revtex4/. Ele fornece um modelo padrão pronto para artigos científicos.
Junto com o pacote vem um exemplo, mas vamos colocar um mais simples aqui para que você possa ter uma noção de como funciona.
A saída deste exemplo pode ser vista em http://www.phpavancado.net/files/testerevtex.pdf.
\documentclass[twocolumn,preprintnumbers,amsmath,amssymb]{revtex4}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage[portuges]{babel}
\begin{document}
\title{Artigo exemplo}
\author{Paulo Matias}
\author{Pedro Faria de Miranda Pinto}
\affiliation{
Canal phpavancado, Brasnet.
}
\date{\today}
\begin{abstract}
Neste trabalho, não falamos nada. É só um exemplo.
\end{abstract}
\maketitle
\section{Introdução}
Aqui não vamos falar nada com nada, afinal, é um exemplo.
Aqui temos um segundo parágrafo.
\section{Matéria é energia}
\subsection{A equação de Einstein}
Todos conhecemos a famosa equação \ref{eq:einstein}, que se tornou extremamente popular.
\begin{equation}
\label{eq:einstein}
E = mc^2
\end{equation}
\subsection{A vida de Einstein}
Einstein foi um cara legal.
\section{Conclusão}
Espero que você tenha gostado do REV\TeX\.
\end{document}
